洁净室一般包括洁净区、准洁净区和辅助区三部分。洁净室的人流和物流路线是平面布局的两个核心关键。

人流净化路线

为了在操作中尽量减少人活动产生的污染，人员在进入洁净区之前，必须更换洁净服并吹淋、洗澡、消毒。这些措施即“人身净化”简称“人净”。

  人净用房中更换洁净服的房间应予送风，并对入口侧等其他房间保持正压，对厕所、淋浴保持少许正压，而厕所、淋浴应保持负压。

物料净化路线

各种物件在送入洁净区前必须经过净化处理，简称“物净”。

物料净化路线与人净路线应分开，如果物料与人员只能在同一处进入洁净室，也必须分门而入，物料并先经过粗净化处理。

对于生产流水线不强的场合在物料路线中间可设中间库。如果生产流水线很强，则采用直通式物料路线，有时还需要在直通路线中间设多次净化、传递设施。

在系统设计上，物净用房的粗净化和精净化阶段由于会吹落很多生微粒，所以相对洁净区应保持负压或零压，如果污染危险性大则对入口方向也要保持负压。