医院系统的洁净室较早的用于手术室即医院手术室净化工程，起初仅用于矫形手术中，随之而获得了更广泛的应用。因矫形手术开展时间较长,且易引发患者伤口感染，故控制水平较理想状态为手术台周围的空气洁净度达到100级。通常建议使用顶部高效空气过滤系统,可将其下方至少3m×3m范围区域予以覆盖,进而将手术台和人全部包括在其保护范围内。

洁净环境在医院最为广泛应用是洁净手术室，洁净手术室是指通过采用空气洁净技术取代传统紫外线消毒等方式对全过程实行污染管控的现代手术室。在洁净手术室开展的各类手术，因外部环境具有无尘与无菌的显著优点，故可使得患者感染率降低10倍以上，从而为少用或不用伤害患者免疫系统的抗生素提供了条件。

医疗洁净室在分娩室、保育室、烧伤室、心脏病人护理单元等相关领域具有广泛的应用，局部包括手术室、分娩室、婴幼儿病房(NICU)、ICU(重症监护室)、烧伤病房、解剖室、人工透析室、净化实验室、标本室等，为手术的顺利开展和患者的保护提供了良好的外部环境。医疗洁净室在牙外科的普及是其在外科手术领域的最新应用之一，洁净的手术环境极大地降低了手术过程中医护人员和患者发生感染的风险。