医院感染按病原体来源分类,可分为内源性感染和外源性感染两大类。

    一、内源性感染

    内源性感染也称自身感染,病原体来自患者自身的体内或体表，部分是人体定植、寄生的正常菌群，在正常情况下对人体无感染力，不致病，在一定条件下可成为条件致病菌，引起各种内源性感染，例如医院使用的留置导尿，由于大肠埃希菌有吸附尿道上皮的特殊能力，大肠埃希菌从原寄居的肠道进入泌尿道而引起泌尿道感染，或病人的局部或全身免疫功能下降，使一些正常菌群在寄居部位穿透粘膜等屏障进入组织或血流引起感染。或由于抗生索的使用引起菌群失调，病人出现的二重感染等。

    部分内源性感染微生物则可能是“医院菌株”，在患者住院期间“医院菌株”迁移并定植于患者的体表或体内，“医院菌株”可以是从医院环境或从其他病人、医院工作人员处获得。

    内源性感染的发生和机制较复杂，预防内源性感染比较困难，因此也称为难以预防性感染。

    二、外源性感染

    外源性感染也称交叉感染,是指病人间、病人和医务人员间直接感染，或通过接触医院的环境、物品而获得的感染。病原体来自患者的身休外，如其他病人、医务人员，未彻底灭菌或污染的医疗器械、血液、血制品、生物制品、医院环境等。外源性感染通过加强医院消毒、灭菌、隔离等措施的采用可以达到有效预防和控制。

    医院感染也可按发生感染的部位分类。医院感染发生的部位可分为泌尿系统感染、呼吸道系统感染、手术部位感染、血液系统感染、胃肠迸系统感染、皮肤和软组织感染、中枢神经系统感染、心血管系统感染等。