有关洁净室的所有标准规范均对人员和材料器材提出了强制性的保证安全的要求。此外，洁净室自身有它的特点。首先洁净室是昂贵的建筑，甚至极微小的火灾都要会要求洁净室重新安装和建造新的洁净室和更换工艺设备，消防系统的错误的操作也会造成难以挽回的损失。
最为普通的危险因素有：
火灾和爆炸；一、有毒物质的发散；二、皮肤和眼睛受到化学品的意外损伤；三、由于违反洁净室工作规程或清洗规则会导致对机械的损伤（例如如果不清除在工作时偶然溅落的液体和清扫后残留的潮湿，人就会打滑和跌倒，不仅自己受伤还会损及衣物和设备）。
为了防止发生上述情况，无尘车间需要采取综合的技术安全措施，应对此项工作标上红线，并贯彻在整净化工程洁净室的使用过程中。应为各部分技术安全制订规程，组织培训，并监督其遵守实施。